आरजीसीबी के पास विभिन्न शोध क्षेत्रों में वैज्ञानिकों की मांग को पूरा करने के लिए एक केंद्रीकृत जीनोमिक्स सुविधा है। यह सुविधा संस्थान की अनुक्रमण आवश्यकताओं को पूरा करते हुए उनके शोध कार्य में बहुत मदद कर रही है। सेवाओं में डीएनए अनुक्रमण, डीएनए विश्लेषकों का उपयोग करके जीनोटाइपिंग, रियल टाइम पीसीआर, माइक्रोएरे और ड्रॉपलेट डिजिटल पीसीआर शामिल हैं।

डीएनए विश्लेषक

स्वचालित डीएनए अनुक्रमण सुविधा 3730 डीएनए विश्लेषक (48 केशिका उच्च थ्रूपुट डीएनए अनुक्रमक) और 3730xL डीएनए विश्लेषक (96 केशिका उच्च थ्रूपुट डीएनए अनुक्रमक) से सुसज्जित है। प्रतिदीप्ति-आधारित डीएनए अनुक्रमण प्रणाली, केशिका वैद्युतकणसंचलन के साथ 96 केशिकाएं हैं जो सेंगर अनुक्रमण के लिए समानांतर रूप से काम करती हैं। सिस्टम स्वचालित रूप से नमूना इंजेक्शन, जेल मैट्रिक्स प्रतिस्थापन, डीएनए पृथक्करण, पता लगाने और डेटा विश्लेषण करता है। यह सिस्टम 2 घंटे के समय में 48-96 सैंपल अनुक्रमित करता है और प्रतिदिन 12 रन तक प्रदर्शन करता है। बड़े डाई टर्मिनेटर (BDT) रसायन विज्ञान के साथ औसत रीड लंबाई 800 बीपी है। इस प्रणाली का उपयोग खंड विश्लेषण, AFLP, जीनोटाइपिंग और SNP विश्लेषण के लिए भी किया जा सकता है।

रियल टाइम पीसीआर और ड्रॉपलेट डिजिटल पीसीआर

यह सुविधा रियलटाइम पीसीआर (क्वांटस्टूडियो 5, 0.2 मिली 96 और 384 वेल सिस्टम, TLDA के साथ 7900HT रियल-टाइम और ड्रॉपलेट डिजिटल पीसीआर (QX 100-बायोरैड) से सुसज्जित है। सिस्टम का उपयोग निम्न के लिए किया जा सकता है

1. निरपेक्ष परिमाणीकरण
2. सापेक्ष परिमाणीकरण
3. प्लस/माइनस परख
4. तकमान कम घनत्व (TLDA)
5. कॉपी संख्या भिन्नता अध्ययन

अतिरिक्त जानकारी

कोर डीएनए नमूने (शुद्ध प्लास्मिड, मिनी-प्रीप प्लास्मिड, M13 क्लोन, कॉस्मिड, लैम्ब्डा क्लोन, पीसीआर उत्पाद, जेल पृथक टुकड़े, बैक्टीरियल जीनोमिक), अनुक्रमित पीसीआर उत्पाद स्वीकार करता है, और उन्हें एप्लाइड बायोसिस्टम्स डीएनए सीक्वेंसर (बीडीटी केमिस्ट्री) के प्रोटोकॉल के अनुसार संसाधित करता है। एक अनुक्रमण रन (एक टेम्पलेट, एक प्राइमर) आम तौर पर अच्छी गुणवत्ता वाले टेम्पलेट और एक अच्छी तरह से डिज़ाइन किए गए प्राइमर के लिए उच्च गुणवत्ता वाले अनुक्रम डेटा के 700-800 न्यूक्लियोटाइड या उससे अधिक का उत्पादन करता है। परिणाम तीन रूपों में लौटाए जाते हैं: एक कच्ची अनुक्रम फ़ाइल, नीले स्कोर के साथ अनुक्रम और एक क्रोमैटोग्राम फ़ाइल। अनुक्रम फ़ाइल (एक फ्लैट ASCII पाठ फ़ाइल) इलेक्ट्रॉनिक मेल द्वारा शोधकर्ता को वापस कर दी जाती है।

प्रत्येक अनुक्रमण प्लेट में मानक डीएनए की कम से कम एक लेन शामिल है जो अच्छे अनुक्रम उत्पन्न करने के लिए जानी जाती है। नमूना हैंडलिंग और डेटा विश्लेषण अत्यंत विश्वसनीय हैं और इनमें त्रुटि की दर बहुत कम है। यदि हमारे नमूना प्रसंस्करण में कोई समस्या दिखाई देती है, तो हम अनुरोध पर प्रभावित नमूनों को दोहराते हैं। हम आम तौर पर प्राप्ति के बाद दो दिनों के भीतर नमूनों को संसाधित करते हैं। नमूनों को सोमवार से शुक्रवार तक रात भर के इंस्ट्रूमेंट रन के लिए संसाधित किया जाता है। डेटा को संसाधित किया जाता है और उपयोगकर्ताओं को ईमेल द्वारा वापस कर दिया जाता है।